Covid-19 : la difficile enquête des scientifiques pour retrouver l'origine du virus

C'est une enquête qui est toujours en cours et dont l'issue semble encore loin : l'origine du coronavirus Covid-19. Les regards se sont vite tournés vers les chauves-souris. On sait depuis longtemps qu’elles sont un réservoir pour ce type de Betacoronavirus, ce genre auquel appartient le Covid-19. Une espèce en particulier est concernée, appelé Rhinolophus Affinis. Cette petite chauve-souris chez laquelle on a identifié en début d’année, à partir d’élément prélevés en 2013 dans la province chinoise du Yunnan, un virus très proche de celui qui nous cause tant de malheurs.

Il a fallu comparer les codes génétiques, explique Serge Morand, écologue, directeur de recherche au CNRS et chercheur associé au Centre de coopération internationale en recherche agronomique. Il mène en ce moment ses travaux depuis la Thaïlande : "En reséquençant le SARS-CoV-2 et tous ses variants, parce qu'il a un peu évolué dans les populations humaines, on essaie de le replacer parmi toute la diversité des virus que l'on connaît dans ce groupe des Betacoronavirus. Le plus proche, c'est un virus de chauve-souris qui partage 96% d'identité avec le Sars Cov 2."

Comment le virus s'est transmis de l'animal à l'Homme ?

La seconde étape nous mène à la question de la transmission entre la chauve-souris et les humains. Plusieurs pistes sont ouvertes. La première est que le virus animal aurait été isolé et modifié en laboratoire pour devenir infectieux pour l’Homme. Malheureusement, il se serait échappé dans la nature. Si on ne peut pas totalement exclure cette piste, les chercheurs estiment que cela est hautement improbable.

La deuxième est qu'il y a eu un passage direct dans la nature de la chauve-souris à l’homme. Au fur et à mesure des années, à force de contact entre les deux espèces, le virus se serait adapté pour un jour devenir infectieux. Théoriquement, c'est possible mais nous manquons de données pour étayer cette piste.

Enfin, une troisième est étudiée et c'est celle qui est privilégiée à ce jour : le passage de la chauve-souris à l’homme se serait fait via un hôte intermédiaire, une autre espèce, en contact régulier avec des populations locales. Cette proximité aurait permis au virus de muter, jusqu’au jour où fortuitement il a trouvé la porte d’entrée des cellules humaines. 

Le pangolin, ce coupable idéal

Mais qui a joué ce mauvais rôle de transmetteur ? La théorie de pangolin est apparue dès le mois de février. Mais depuis, le suspect plein d’écailles a été mis hors de cause, comme le confirme Éric Delaporte, directeur de recherche à l'Institut de recherche pour le développement, et spécialistes des maladies infectieuses : "C'était une hypothèse car effectivement, il avait une caractéristique moléculaire qui pouvait faire penser qu'il avait la serrure d'entrée que l'on retrouve chez l'Homme. Ce que l'on appelle les récepteurs. Mais c'était un peu tiré par les cheveux..."

Ce chaînon manquant, nous ne le connaissons toujours pas. Cela peut-être une civette, comme c’était le cas en 2003 avec le SRAS ou une autre espèce, vivant à l’état sauvage ou dans des élevages. De nouvelles recherches sont nécessaires sur le terrain et c’est en partie pour cela que l’OMS espère pouvoir envoyer une équipe d’experts internationaux en Chine. Mais Pékin n'a pas encore donné son accord.

Tracer le Covid pour éviter de nouvelles épidémies

Ce n'est pas une simple question de curiosité si des dizaines de chercheurs tentent de comprendre la naissance et la transmission à l'Homme du SARS-CoV-2. "Quand vous connaissez exactement les conditions dans lesquelles un virus a changé d'hôte et in-fine est arrivé vers l'homme, explique Meriadeg Le Gouil, écologue et virologue à l’Université et au CHU de Caen, vous êtes capable de mettre en place, si ce n'est des mesures, au moins des recommandations, pour éviter qu'un autre virus ne prenne le même chemin." 

"On se rend compte, complète le virologue, qu'il y a toujours des facteurs humains, qui sont des facteurs d'interactions avec la faune sauvage, avec l'habitat sauvage, avec les cycles écologiques, qui sont relativement importants." L'intérêt de comprendre comment est apparu le Covid-19 est ainsi de savoir comment faire pour éviter une nouvelle épidémie.