En Islande, 100% des cas de Covid-19 sont soumis au séquençage ADN

C’est le mot d’ordre de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) depuis un mois : face aux nouveaux variants anglais, sud-africain et brésilien du coronavirus, il faut renforcer ses capacités de séquençage, c’est-à-dire de détection. L’Islande n’a pas attendu ces recommandations et procède à l’identification génétique de 100% de ses cas positifs depuis le début de l’épidémie, faisant d’elle un leader mondial dans le domaine.

Un génome de 30 000 molécules 

Le séquençage, comment ça marche ? C’est à Reykjavík, dans les locaux de l’imposant bâtiment sombre de deCODE Genetics, entreprise biopharmaceutique qui offre son aide aux autorités sanitaires islandaises depuis le début de l’épidémie, que le processus se déroule. Tout commence après l’étape de l’écouvillon et du test PCR. Une fois l’échantillon déclaré positif au Covid-19, son ADN est prélevé, isolé puis purifié. Les molécules d’ADN sont ensuite disposées dans un petit boîtier noir lui-même inséré dans un séquenceur de gènes, ressemblant au scanneur que l’on a chez nous à la maison.

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"Le génome du virus a une taille d’environ 30 000 molécules, ce qui est beaucoup plus petit que le génome humain, explique Olafur Thor Magnusson, le directeur du laboratoire. Nous devons donc d’abord l’amplifier avant de préparer le fragment d’ADN au séquençage. Nous utilisons la méthode dite de 'séquençage par nanopores' qui permet d’obtenir des résultats en seulement quelques heures." L’intégralité du processus, de l’isolation de l’ADN jusqu’au résultat, prend une journée et demi maximum.

Le séquençage améliore le traçage

En Islande, le séquençage est au cœur de la stratégie depuis le début de l’épidémie. "Avoir ces informations ADN détaillées et précises ne permet pas seulement d’identifier le variant mais aussi de prendre les mesures adéquates pour endiguer l’épidémie en se basant sur des hypothèses de transmissibilité, indique Kári Stefánsson, le PDG de deCODE Genetics.

C’est important d’utiliser le séquençage dans le traçage des cas contacts pour déterminer qui a infecté qui et de s’en servir pour savoir comment l’infection se propage.

Kári Stefánsson, PDG de deCODE Genetics

à franceinfo

La connaissance des séquences ADN du coronavirus a notamment permis de confirmer avec certitude un lien entre un bar du centre-ville de la capitale islandaise et la flambée des contaminations mi-septembre, à l’origine de la vague qui est aujourd’hui sur le déclin depuis de nombreuses semaines.

Pourquoi l’Islande est-elle autant en avance dans le domaine ? Premièrement, il faut préciser que seuls 6 000 cas de Covid-19 ont été diagnostiqués en Islande, l'un des pays d'Europe les moins atteints, ce qui rend possible ce séquençage systématique. Ensuite, la recherche génétique est la spécialité de deCODE Genetics, qui est à l’origine de la plus vaste étude jamais conduite sur une population. Cette étude publiée en 2015 a nécessité le séquençage du génome complet de 2 600 Islandais et l’étude du profil génétique d’un tiers de la population. Elle a permis de mettre en évidence les facteurs de risques génétiques pour les maladies cardiovasculaires ou les cancers.