Le virus de la grippe vient-il des poissons ? C'est ce qu'indique la génétique

Avec Mathilde Fontez, rédactrice en chef du magazine scientifique Epsiloon, on remonte aux origines du virus de la grippe aujourd'hui, avec les recherches de biologistes australiens qui ont détecté une souche de ce virus dans l'intestin d'un esturgeon.

Grâce à des séquençages génétiques, ils ont réussi à retrouver la trace de l’ancêtre du virus de la grippe. Ce qui laisse penser que ce virus infectait les animaux aquatiques il y a 600 millions d’années, avant de coloniser le milieu terrestre. Une découverte éloquente à l’heure où la grippe aviaire H5N1 se propage d’espèce en espèce, sur terre comme sous la mer.

franceinfo : Tout aurait donc commencé chez les poissons ?

Mathilde Fontez : Oui, c’est une virologue américaine basée à l’université de Sydney, en Australie : Mary Petrone, qui a fait cette découverte : elle a trouvé chez l’esturgeon un virus de la même famille que la grippe, mais sous une forme ancestrale. Soit un parent éloigné des grippes saisonnières, celles qui nous frappent chaque hiver.

Mais aussi des grippes aviaires, comme H5N1 qui fait des ravages en ce moment dans le monde entier. En France, pour lutter contre cette épidémie animale, des millions de volailles ont été abattues entre août et décembre derniers. Ce virus serait donc né chez les poissons. 

On a pu remonter tout l’arbre généalogique de la grippe ? 

Pour l’instant, les chercheurs n’ont que des morceaux de l’arbre, des éléments disparates : il y a donc cet ancêtre du virus détecté chez l’esturgeon de Sibérie. Avant ça, la chercheuse avait aussi vu des preuves de l’infection par un virus de la même famille chez les coraux. En 2018, une équipe avait détecté un parent éloigné de la grippe chez la myxine, une famille d’animaux aquatiques qui ressemble à des anguilles. En 2021, des chercheurs ont trouvé des virus qui font partie du groupe, dans des génomes de homards.

Et en comparant les séquences génétiques de tous ces virus, on commence à dessiner une trajectoire, une histoire évolutive, qui aurait commencé dans l’eau, il y a 600 millions d’années, avant même l’apparition des premiers poissons. 

Ce n’est qu’ensuite que le virus aurait commencé à coloniser le milieu terrestre ?

Oui. Il faudra plus d’animaux pour comprendre comment s’est passé la "sortie de l’eau" de la grippe. Et surtout, pour regarder les sauts d’une espèce à l’autre. Déjà, cette ébauche d’arbre phylogénétique montre les incroyables capacités de cette famille de virus, pour se propager d’un type d’animal à un autre. 

C’est ce qu’on observe aujourd’hui, avec une certaine inquiétude, pour la grippe aviaire : des transmissions des oiseaux aux mammifères sont évoquées, à des phoques aux Etats-Unis ; des visons en Espagne ; des otaries au Pérou. L’Organisation mondiale de la santé considère que le risque de transmission à l’homme est faible, mais le virus est très surveillé. Ce retour aux origines pourrait permettre de mieux comprendre cette transmission.