Comment identifier les bactéries de notre microbiote ?

On vante son charme discret ou encore ses pouvoirs extraordinaires... Notre super-héros est notre intestin, ou plus précisément les 100.000 milliards de bactéries qui le peuplent ! Ce qu'on avait l'habitude d'appeler "flore intestinale" est désormais nommé "microbiote intestinal". Le microbiote le plus important de notre corps, car il en existe plusieurs au niveau de la peau, de la bouche, du vagin par exemple, est celui de l'intestin avec un poids total de deux kilos !

Environ 1.000 espèces de bactéries différentes composent cet écosystème. Chacun d'entre nous en héberge 200 espèces. Autrement dit, chaque individu a un microbiote qui lui est propre en fonction de la combinaison dont il a hérité. Les bactéries qui le composent colonisent notre ventre dès notre naissance. En particulier lors de l'accouchement, au contact de la flore vaginale de la mère.

Pour étudier le microbiote encore faut-il l’identifier, c’est-à-dire connaître quelles espèces de bactéries sont présentes dans l’intestin d’une personne et en quelle quantité. Mais l'opération est complexe : il faut partir d’un échantillon de scelles et identifier l’ADN de toutes les espèces de bactéries présentes… 
Quelques rares laboratoires pratiquent cette analyse. C’est le cas du laboratoire MetaGenoPolis, dirigé à l’INRA par le Pr Joël Doré.