Covid-19 : contagiosité, sensibilité au test PCR, réaction au vaccin... Ce que l'on sait du variant détecté en Bretagne

Ni brésilien, ni sud-africain, ni britannique... mais "breton". Un nouveau variant du Covid-19 vient de faire son apparition dans les Côtes-d'Armor. Ce dernier, que l'Agence régionale de santé (ARS) Bretagne ne classe pas, pour l'heure, comme "préoccupant", mardi 16 mars, a été détecté il y a quelques jours au centre hospitalier de Lannion. En attendant les résultats des investigations en cours "pour en évaluer la transmissibilité et la sévérité", franceinfo vous résume ce que l'on sait de ce nouvel arrivant dans la famille des variants.

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Un variant identifié à l'hôpital de Lannion

Fin février, le centre hospitalier de Lannion a fait remonter à l'Agence régionale de santé de Bretagne "une situation de cluster préoccupante", selon les propres mots de l'établissement. A l'intérieur de ses locaux, 71 personnes viennent d'être testées positives au Covid-19 (44 patients et 27 soignants).

Les autorités sanitaires locales n'ont pas tardé à donner l'alerte pour enquêter sur ce cluster. Elles sont notamment "en lien avec Santé publique France". Stéphane Mulliez, directeur de l'ARS Bretagne, a précisé mardi en conférence de presse que "parmi ces cas, certains étaient identifiés alors qu'ils ne réagissaient pas au prélèvement nasopharyngé RT-PCR". Trois semaines plus tard, le 13 mars, ce sont cette fois 79 cas de Covid-19 qui sont identifiés, à nouveau chez des patients et des soignants. Parmi eux, huit sont "porteurs du variant 20-C", le nom scientifique de ce variant détecté en Bretagne.  

Il est indétectable avec un test PCR

C'est une particularité que notaient déjà les soignants de l'hôpital de Lannion : certains patients présentant des symptômes ont réalisé plusieurs tests PCR qui se sont tous révélés... négatifs. "Ce qui nous a préoccupés, c'est le fait que des malades ont fait jusqu'à quatre tests PCR négatifs", affirmait, le 10 mars, une source hospitalière dans les colonnes du Télégramme. "Nous avons donc suspecté un nouveau variant, dont la spécificité semblait se traduire par une quasi-absence du virus dans la zone nasopharyngée, ce qui le rendait donc indétectable..."

Cette "mise en défaut" des tests classiques est liée au fait que les patients n'excrètent pas de virus au niveau du nez. "Les tests sont négatifs lorsque l'on fait des prélèvements nasopharyngés chez des gens qui ont des tableaux cliniques ou scanographiques très évocateurs de Covid", corrobore auprès de franceinfo le professeur Matthieu Revest, infectiologue au CHU de Rennes. "Mais ils sont bel et bien positifs lorsque l'on fait des prélèvements plus profonds, c'est-à-dire soit par des crachats ou soit via une fibroscopie pulmonaire." 

"Ces différences-là n'existaient pas avec les autres variants. Mais il y avait un précédent : le Mers-CoV apparu en Arabie saoudite."

Matthieu Revest, infectiologue au CHU de Rennes

à franceinfo

Le fait que ce nouveau variant puisse passer entre les mailles des filets des tests classiques est évidemment une mauvaise nouvelle. "Ça rend les choses un peu plus difficiles, reconnaît l'infectiologue Matthieu Revest. C'est tout de suite plus compliqué d'identifier les cas."

"Compte tenu de la possible mise en défaut du diagnostic biologique sur les prélèvements nasopharyngés, une conduite à tenir spécifique doit être mise en œuvre", écrit la direction générale de la santé (DGS) dans un document (en PDF) diffusé lundi soir et destiné aux soignants des Côtes-d'Armor et du Finistère. Le dispositif concerne précisément une zone géographique comprenant Lannion, Guingamp, Saint-Brieuc et Morlaix.

Un contact-tracing "plus intensif" doit automatiquement avoir lieu en cas de suspicion de contamination à ce variant, "par mesure de prudence", même lorsqu'il n'y a pas de confirmation que le patient en est porteur, a précisé mardi Stéphane Mulliez. Objectif : "Identifier les contacts de deuxième génération, les contacts des contacts." Une cellule de crise territoriale a par ailleurs été activée au sein de chaque établissement du groupement hospitalier afin de garantir la continuité de la prise en charge des patients sur le territoire.

Il n'est pas classé comme "préoccupant"

Des investigations sont en cours pour évaluer "l'impact de ces mutations sur la transmissibilité, la sévérité et le risque éventuel d'échappement immunitaire de ce nouveau variant", explique la direction générale de la santé. En attendant les résultats, "sur la base de l'analyse préliminaire des mutations de ce variant et des observations cliniques et biologiques des patients porteurs, les autorités sanitaires estiment qu'il est raisonnable de classer ce variant sous surveillance", poursuit la DGS. Les premières analyses "ne permettent de conclure ni à une gravité ni à une transmissibilité accrue", note toutefois le communiqué du ministère de la Santé.

Même ton employé par le directeur de l'ARS Bretagne mardi midi : ce variant n'est "pas classé à ce stade comme variant préoccupant", contrairement "aux variants anglais, sud-africain et brésilien".

Il réagit, "à ce stade", au vaccin

Là encore, "des expérimentations vont avoir lieu afin de déterminer comment ce variant réagit à la vaccination et aux anticorps développés lors de précédentes infections", explique la DGS. Mais, à l'heure actuelle, "aucune information" ne laisse penser que les vaccins ne sont pas efficaces sur ce variant. "Aucune information conduirait à penser que la vaccination soit moins pertinente par rapport à ce variant", assure le directeur de l'ARS Bretagne. 

Il est pour le moment impossible de connaître précisément le nombre de cas concernés par ce nouveau variant détecté en Bretagne. Pierre Tattevin, chef du service des maladies infectieuses du CHU de Rennes, a toutefois déclaré mardi sur BFMTV que ce variant concernait "plusieurs dizaines de cas", et même des décès.