Covid-19 : la France est-elle suffisamment armée pour suivre à la trace le variant britannique ?

Le variant apparu au Royaume-Uni va-t-il déferler sur la France ? A ce jour, une vingtaine de cas confirmés d'infection par le variant britannique du Sars-CoV-2 ont été formellement recensés en France, selon les données communiquées par la direction générale de la santé. Ce variant "ne circule pas de façon importante en France" pour le moment, mais "on ne l'évitera pas", avait déclaré le président du Conseil scientifique, Jean-François Delfraissy, mercredi 6 janvier sur France 2. Pour mesurer la propagation de ce variant, encore faut-il être en mesure de l'identifier. "Tous les tests PCR 'douteux', c'est-à-dire pouvant suggérer qu'il s'agit d'un cas de variant anglais, seront analysés sur nos plateformes pour ce qu'on appelle du séquençage génétique", a expliqué le ministre de la Santé, Olivier Véran, jeudi soir en conférence de presse.

Outre-Manche, ce variant a été détecté dans le cadre d'une enquête épidémiologique et virologique ouverte en décembre, après une très forte augmentation des cas dans le sud-est de l'Angleterre. Certains de ces échantillons ont alors fait l'objet d'un séquençage génétique, qui a permis d'identifier ce variant nommé "VoC 202012/01" (ou B.1.1.7). Une analyse rétrospective a ensuite permis d'identifier à Kent, le 20 septembre, le premier cas connu à ce jour de ce variant.

La France très en retard sur le séquençage

Le virus à ARN Sars-CoV-2 est plutôt stable, mais il fait tout de même l'objet d'un examen génétique en continu depuis le début de l'épidémie. Beaucoup de mutations disparaissent, quand elles présentent peu de bénéfices pour le virus. Mais, à l'inverse, certaines d'entre elles, seules ou en groupe, perdurent. A ce jour, plus de 100 000 génomes ont ainsi été ajoutés à la plateforme Gisaid*, un projet né en 2006 lors de la grippe aviaire. Ces données permettent d'établir des profils génétiques complets et en constante évolution – il suffit de se rendre sur le site Nextstrain* pour mesurer l'étendue des arbres phylogénétiques.

Le Royaume-Uni est à la pointe dans ce domaine, grâce notamment au consortium "COG-UK". Durant la première semaine de décembre, par exemple, près de 9% des cas positifs avaient été suivis (PDF en anglais) d'un séquençage génétique (156 336 sur 1 753 680 cas). "Au Royaume-Uni, les investissements ont dépassé 20 millions de livres pour les plateformes de séquençage, uniquement pour le Covid-19", explique à franceinfo Alexandre Gaymard, virologue au CHU de Lyon. Fin décembre, de son côté, la France pointait seulement à la 55e place des contributeurs mondiaux de Gisaid, expliquait Libération, avec moins d'un séquençage pour 1 000 cas déclarés de Covid-19.

"Nous travaillons depuis plusieurs mois pour augmenter les capacités de séquençage en France. C'est en train de s'accélérer."

Alexandre Gaymard, virologue au CHU de Lyon

à franceinfo

Si les conséquences sanitaires des différentes mutations observées jusqu'ici étaient négligeables, le variant "VoC 202012/01", lui, suscite de vives inquiétudes en raison de sa virulence : il pourrait être entre 50 et 74% plus transmissible que les autres variants en circulation, selon les premières données* de la London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM). Son émergence met en tout cas au jour les lacunes françaises, car les autorités ne peuvent plus se reposer simplement sur un test. Il faut également obtenir la séquence génétique des échantillons de virus, afin de vérifier ou non s'ils correspondent au B.1.1.7. Ce qui impose de faire tourner davantage les plateformes de séquençage. "Nos séquençages sont plus ciblés. Ils ont permis d'identifier des cas dans le Nord, à Bayonne et à Tours. Mais c'est vrai qu'il en faudrait davantage", explique Michel Segondy, virologue au CHU de Montpellier (Hérault).

"Il faut séquencer de manière aléatoire et répétée"

Au moment des fêtes de Noël, Santé publique France a d'abord demandé aux laboratoires d'analyse d'adresser leurs échantillons de tests PCR positifs aux Centres nationaux de référence (CNR) dans trois cas de figure. Cela concerne les personnes revenant du Royaume-Uni, celles ayant été en contact avec une personne revenant du Royaume-Uni et celles dont le "test PCR [peut] évoquer le virus variant", détaille la direction générale de la santé. Après une accalmie, les plateformes de séquençage tournent de nouveau à plein régime.

Le CNR de Lyon est actuellement en mesure de séquencer 200 échantillons par semaine, explique Alexandre Gaymard. De nouveaux équipements devraient permettre de traiter 384 échantillons toutes les 48 heures, à partir de février. Avec l'émergence de ce variant, "les autorités de santé ont mieux compris l'utilité de ces plateformes, explique Alexandre Gaymard. Nous allons nous améliorer dans les prochaines semaines, mais il ne faut pas non plus saturer complètement le séquençage sur la recherche de ce variant. Le séquençage d'autres souches est extrêmement important et il faut continuer à en faire."

D'autres initiatives ont vu le jour. "La seule solution, c'est de séquencer de manière aléatoire un certain nombre de gens positifs un peu partout en France, de manière répétée", estime par exemple Philippe Froguel, généticien et endocrinologue au CHU de Lille (Nord), qui propose l'appui d'un consortium, SentiCov. A partir du 11 janvier, le chercheur va piloter le dépistage de 20 000 à 30 000 personnes dans la région de Roubaix. En cas de suspicion, les échantillons seront envoyés au Genopole d'Evry (Essonne) pour un séquençage, précise-t-il au Parisien.

Un modèle de test PCR qui change la donne

Mais il existe une autre solution plus rapide, qui permet d'ailleurs de placer "vison" et "futé" dans le même phrase. En novembre dernier, alors qu'ils travaillaient sur le Covid-19 chez ces petits mammifères, Alexandre Gaymard et les chercheurs lyonnais ont remarqué un profil très particulier dans les dépistages PCR réalisés avec le kit du fabricant Thermo Fisher. Ce test cible trois gènes viraux différents, mais il ne parvenait plus à détecter l'un d'eux "en raison d'une délétion", c'est-à-dire l'absence, dans ce cas précis, des 69e et 70e acides aminés de la protéine S du coronavirus infectant ces animaux.

Quand les Britanniques ont remarqué que le variant B.1.1.7 comportait cette particularité déjà observée chez le vison, ils ont alors exploité l'atout fortuit du test de Thermo Fisher. Cette méthode de diagnostic pourrait faire gagner un temps précieux, car il faut plusieurs jours pour obtenir un séquençage. "Cela va permettre de classer les cas probables" de variant, explique Alexandre Gaymard, coauteur d'une prépublication* dessinant une stratégie en deux temps.

C'est en tout cas la méthode adoptée par le Conseil scientifique pour obtenir une première photographie du variant britannique sur le territoire. Sans même attendre les résultats des séquençages, dont les capacités sont de toute manière limitées, un second passage des échantillons au kit de Thermo Fisher pourrait permettre de donner une première évaluation de la diffusion géographique du variant et de sa circulation.

"Le Conseil scientifique a demandé à tous les laboratoires et centres de recherche qui le peuvent de tester les échantillons positifs une seconde fois avec le kit Thermo Fisher, jeudi [hier] et vendredi. Cela permettra de livrer une estimation haute de la circulation du variant, avant des chiffres plus fins après séquençage."

Alexandre Gaymard, virologue au CHU de Lyon

à franceinfo

Mais le séquençage génétique reste tout de même le seul moyen de confirmer un cas. Ainsi, le ministère de la Santé est allé un peu vite en besogne, jeudi soir, en évoquant un "cluster à risque" en Bretagne. Le lendemain, l'agence régionale de santé (ARS) a annoncé que les résultats du séquençage indiquaient "formellement" que ces cas ne correspondaient pas "au variant britannique", après avoir reçu les résultats du CNR Pasteur. Contactée par franceinfo, l'ARS confirme que ces échantillons avaient été transmis après un test PCR Thermo Fisher discordant.

A Montpellier, on se prépare déjà à adopter cette double stratégie, en attendant l'arrivée des kits de la marque. Mais "en France, seule une minorité de laboratoires utilisent les tests Thermo Fisher", explique le virologue Michel Segondy, "et ce n'est pas notre cas". Le médecin espère mettre en œuvre ces doubles tests au cours de la seconde quinzaine de janvier. "Nous devrions avoir une idée plus précise de la circulation du variant courant janvier", ajoute-t-il également. Celle-ci devrait être ensuite confirmée sur les plateformes, car les délétions 69/70 ne sont pas propres au variant.

Evaluer à quelle vitesse le variant va se répandre

Comme de très nombreux laboratoires, Michel Segondy participe également, en cette fin de semaine, à une opération consistant à envoyer au CNR de Lyon l'intégralité des échantillons positifs au Sars-CoV-2 afin de donner lieu à un séquençage. A partir de ces tests positifs, il sera possible d'évaluer la part du variant et donc de livrer une estimation de son incidence. Mais cette opération devra être répétée, car le faible nombre de cas identifiés en France ne préjuge en rien de l'avenir du variant sur le territoire.

Au Royaume-Uni, trois mois environ se sont écoulés entre son apparition et son caractère épidémique. Le variant semble désormais avoir pris le pas outre-Manche, puisqu'il représente environ 90% des tests PCR positifs. Plusieurs fabricants développent actuellement des techniques ciblées sur le B.1.1.7, en cherchant à reprendre la recette fortuite de Thermo Fisher. Mais ces tests risquent d'être disponibles un peu tard, et donc de perdre de leur intérêt si le variant finit par causer la quasi-totalité des cas de Covid-19.

MK Lighthouse Lab @Biocentre_UK covid testing continues to show a significant increase in positive test rate and B117 'new variant', as detected by PCR S (spike) gene target failure (SGTF), now represents ~90% of all positives. pic.twitter.com/0w7nqsapFG

— Tony Cox (@The_Soup_Dragon) January 6, 2021

En attendant, la France presse le pas pour obtenir des réponses. "L'inquiétude du moment, c'est de savoir si ce variant va se répandre et à quelle vitesse", expliquait lundi sur franceinfo Arnaud Fontanet, épidémiologiste et membre du Conseil scientifique. "Il a un potentiel considérable et il ne faut absolument pas le laisser grimper." Pour y parvenir, les mesures n'ont pas varié d'un pouce. Elles se résument au respect des gestes barrières.

* Les liens suivis d'un astérisque sont en anglais.