Les microbes du métro parisien vont bientôt livrer leurs secrets

Les plus maniaques d'entre nous l'imaginent depuis longtemps : des milliers de microbes grouillent sur les sièges, les rambardes ou les tourniquets des stations de métro. Mais de quelles espèces sont ces micro-organismes ? Les scientifiques du consortium MetaSub ont décidé d'en avoir le cœur net et d'établir une cartographie de la population microbienne qui vit dans les réseaux de transport sous-terrain, rapportait Le Parisien en début de semaine.

L'étude sera réalisée dans 57 villes de la planète. En France, c'est le laboratoire de biologie computationnelle et quantitative de l'Institut de biologie Paris-Seine qui va se pencher sur les microbes du métro parisien. Franceinfo répond à trois questions sur ce projet.

Pourquoi étudier les microbes du métro ?

L'idée de cette étude inédite a germé dans l'esprit de Christopher Mason, un chercheur de l'université Weill Cornell, à New York (Etats-Unis). "Lorsqu'elle était petite, la fille de Christopher Mason mettait tout dans sa bouche, explique à franceinfo Ingrid Lafontaine, l'une des deux enseignants-chercheurs de l'Université Pierre-et-Marie-Curie (UPMC) qui pilotera le projet à Paris. Il s'est donc demandé ce qu'il pouvait y avoir à la surface des objets que les gens touchent tous les jours. Et il s'est dit que le métro était le meilleur endroit pour étudier la question."

Lorsque les scientifiques de l'université Weill Cornell ont étudié la population microbienne du métro new-yorkais, lors de la campagne pilote, ils ont collecté pas moins de 15 000 échantillons d'ADN en dix-huit mois. Ils sont parvenus à identifier 562 espèces de bactéries, précise Le Journal du CNRS. Ils ont toutefois fait une découverte étonnante : la moitié de ces échantillons appartenaient à des micro-organismes inconnus. Le métro parisien, qui sera étudié pendant au moins cinq ans, devrait donc réserver quelques surprises aux scientifiques de l'UPMC.

Comment les chercheurs vont-ils identifier les microbes ?

La méthodologie est assez simple : à l'aide de cotons-tiges, des scientifiques vont prélever des micro-organismes sur les différentes surfaces des stations, comme les rambardes, les tourniquets ou encore les sièges. L'équipe d'Ingrid Lafontaine et Hugues Richard a commencé cette collecte fin juin sur les marches des accès au métro, avec la participation des élèves de l'UPMC. Les chercheurs sont actuellement en contact avec la RATP pour pouvoir organiser les prélèvements à l’intérieur des stations dans les meilleures conditions.

Les chercheurs devront ensuite extraire et séquencer l'ADN des micro-organismes collectés dans le métro. Ces données seront analysées et classées par de puissants algorithmes, afin de déterminer à quelles espèces ils appartiennent. Grâce à cette nouvelle méthode, la métagénomique, les chercheurs pourront donc dresser une carte précise des microbes qui se trouvent dans les réseaux de transport sous-terrain.

La comparaison entre les données enregistrées dans les 57 villes qui participent au projet permettront de déterminer si les populations microbiennes sont les mêmes d'une zone urbaine à une autre. "Nous imaginons évidemment qu'une grosse part de ces organismes se retrouveront partout, explique Ingrid Lafontaine. Mais on s'attend à trouver plus de bactéries associées aux milieux marins à Marseille qu'à Paris."

Qu'est-ce que cette étude va nous apprendre ?

Que les hypocondriaques se rassurent : les scientifiques du CNRS ne devraient normalement pas découvrir de bactéries responsables de maladies graves sur les sièges de la RATP. "Aucun vecteur de maladies comme la peste n'a été retrouvé dans le métro new-yorkais, assure Ingrid Lafontaire. Les bactéries pathogènes [qui représentent potentiellement un risque pour la santé] ne sont présentes qu'en quantité infime, alors qu'on peut en trouver beaucoup plus dans les intestins humains."

Les prélèvements, que l'équipe du CNRS compte effectuer au moins une fois par an à Paris, permettront de mieux comprendre l'évolution des populations bactériennes en fonction de la fréquentation des stations, de l'environnement ou de leur géolocalisation. S'ils parviennent à effectuer ces prélèvements plus fréquemment, les chercheurs pourraient même étudier l'influence des saisons sur ces populations bactériennes.

En recoupant toutes ces données, associées aux caractéristiques de chaque station, les scientifiques espèrent également "mieux comprendre l'impact de la pollution sur la santé" des usagers, précise Le Journal du CNRS.

Selon Ingrid Lafontaine, le principal enjeu de cette étude est toutefois de mieux comprendre le phénomène de résistance aux antibiotiques. "On ne connaît pas tous les mécanismes de ce phénomène", souligne la chercheuse. Certaines bactéries parviennent à développer une résistance même face à de nouvelles molécules. "En observant directement un aussi grand groupe de micro-organismes, en temps réel, on parviendra peut-être à mieux comprendre ces mécanismes et à y apporter une solution", conclut Ingrid Lafontaine.