Covid-19 : que sait-on de "Deltacron", présenté comme un nouveau variant combinant Omicron et Delta ?

Delta et Omicron se sont-ils mêlés pour donner naissance à un nouveau variant ? C'est en tout cas ce qu'avance un chercheur chypriote. Dans un article publié le 8 janvier par l'agence Bloomberg, on lit que Leondios Kostrikis, professeur de sciences biologiques à l'Université de Chypre et chef du Laboratoire de biotechnologie et de virologie moléculaire, a trouvé "une souche de Covid-19 qui combine delta et omicron". Cette découverte "a été nommée "deltacron" en raison de l'identification de signatures génétiques de type omicron dans les génomes delta", explique l'article.

En clair, il pourrait s'agir d'une recombinaison entre les deux variants les plus préoccupants du moment, Delta et Omicron.

Une découverte mise en doute par d'autres chercheurs

Les séquences réalisées par ce chercheur chypriote ont été partagées sur la plateforme de surveillance internationale Gisaid. Mais en les analysant, certains chercheurs avancent la possibilité d'une erreur. 

Small update: the Cypriot 'Deltacron' sequences reported by several large media outlets look to be quite clearly contamination - they do not cluster on a phylogenetic tree and have a whole Artic primer sequencing amplicon of Omicron in an otherwise Delta backbone.

— Tom Peacock (@PeacockFlu) January 8, 2022

"Les séquences chypriotes 'Deltacron' rapportées par plusieurs grands médias semblent être assez clairement une contamination - elles ne se regroupent pas sur un arbre phylogénétique", explique notamment sur Twitter le virologue britannique Tom Peacock. En France, l'épidémiologiste et membre du conseil scientifique Arnaud Fontanet a également émis l'hypothèse d'une erreur en laboratoire, "probablement une erreur de contamination", a-t-il précisé sur BFMTV.

"Deltacron": l'épidémiologiste Arnaud Fontanet "écarte" l'hypothèse d'un variant combiné pic.twitter.com/2LgybynkXc

— BFMTV (@BFMTV) January 10, 2022

Le chercheur chrypriote a toutefois réfuté cette hypothèse d'une erreur. Le ministre de la Santé de Chypre a également fait savoir qu'une conférence de presse aurait lieu prochainement, tout en assurant que ce nouveau variant n'était pas préoccupant.

Une recombinaison entre ces deux variants est possible

Si l'on ne peut pas encore être certain qu'un tel variant est bien apparu à Chypre, cette possibilité reste parfaitement crédible. D'après le professeur de virologie à la Sorbonne Vincent Maréchal, une recombinaison entre Delta et Omicron est techniquement possible et ne serait finalement pas surprenante car les conditions actuelles y sont plutôt favorables. Pour qu'une recombinaison ait lieu, explique-t-il, il faut notamment "que deux virus différents co-circulent très fortement et en même temps", ce qui est bien le cas avec Delta et Omicron.

Encore faut-il ensuite que, chez une même personne, une même cellule soit infectée par ces deux virus au moment précis de la réplication pour obtenir "une sorte de chimère avec une moitié de virus A et une moitié de virus B", précise le Pr Marechal. Cela reste donc assez rare mais pas impossible. "On a déjà vu des cas en Grande-Bretagne et aux Etats-Unis", assure le virologue.

Si cela se produisait à nouveau, cela ne signifierait pas forcément que ce serait plus inquiétant. Impossible de dire si une recombinaison entre Delta et Omicron pourrait donner un variant plus virulent et plus contagieux. Cela reste "très difficile à anticiper", explique Vincent Maréchal.