Covid-19 : comment l'hypothèse de l'accident de laboratoire, à l'origine du coronavirus, s'est étoffée en un an

Où est né le Sars-CoV-2 ? Depuis l'apparition de la pandémie, les scientifiques enquêtent sans apporter une réponse ferme. Après avoir été écartée un temps, l'hypothèse, très sensible, d'une fuite de ce virus depuis un laboratoire à Wuhan, en Chine, peut-être à cause d'une erreur humaine, reste envisageable pour un certain nombre d'experts.

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La revue Science a publié vendredi 14 mai une lettre (en anglais) de plusieurs scientifiques (la plupart travaillant aux Etats-Unis) qui appellent à considérer sérieusement la possibilité d’un accident de laboratoire comme source de la pandémie. A cette occasion, franceinfo revient sur les différentes étapes qui ont permis à cette hypothèse de prendre de l'ampleur au fil des mois. 

Mars 2020 : un laboratoire de Wuhan éveille les soupçons

Depuis le début de l'épidémie, qualifiée officiellement de "pandémie" le 11 mars 2020 par l'Organisation mondiale de la santé (OMS), un groupe international de scientifiques, nommé Drastic, s'est formé pour retracer son origine. Parmi eux se trouve Monali Rahalkar, microbiologiste à l'institut de recherche Agharkar (Inde). Interrogée sur ses travaux par les équipes de l'émission "Envoyé Spécial", elle souligne un point fondamental : "On sait que l'épidémie a démarré à Wuhan. On sait aussi que le virus vient d'une chauve-souris. Mais toutes ces chauves-souris vivent dans le sud de la Chine, dans le Yunnan. C'est à plus de 1 000 kilomètres de Wuhan." 

Monali Rahalkar, chercheuse indienne, découvre une thèse rédigée en 2013 sur la pneumonie des mineurs du Yunnan. Elle révèle le diagnostic posé par des pneumologues à l’époque :

"Ces clichés des poumons étaient très ressemblants avec ceux des malades du #Covid19." #EnvoyeSpecial pic.twitter.com/evFonkl6l9

— Envoyé spécial (@EnvoyeSpecial) March 11, 2021

Après quelques recherches, elle s'aperçoit rapidement que, pendant des années, les scientifiques du laboratoire de l'Institut de virologie de Wuhan (WIV) ont effectué de nombreuses expéditions dans cette région du Yunnan pour collecter des coronavirus. Se pose alors la question de savoir s'ils ont pu rapporter le virus lors de l'une de leurs expéditions.

Par ailleurs, c'est dans cette région qu'a été prélevé le coronavirus le plus proche du Sars-CoV-2. Shi Zhengli, directrice adjointe du centre de virologie de Wuhan, l'a découvert en 2013. Ce coronavirus, le RaTG13, possède 96% de ressemblances avec le virus à l'origine du Covid-19. 

Aussitôt les recherches de Shi Zhengli mises sur le devant de la scène, plusieurs chercheurs se demandent si une négligence a permis au virus de s'échapper du laboratoire et de se répandre dans la ville de Wuhan. Parmi eux, Nikolai Petrovsky, professeur l'université de Flinders, en Australie, affirme auprès d'"Envoyé spécial" qu'il est impossible d'écarter la thèse. "Quand vous regardez tous les faits ensemble, vous ne pouvez pas ne pas vous poser la question. J'aimerais bien que cette piste soit totalement improbable, mais plus vous regardez, plus vous vous dites que ce serait irresponsable de dire que c'est impossible."

L'idée est avancée par Donald Trump lui-même, en mai 2020, lors d'une conférence de presse. Le président des États-Unis affirme avoir vu des preuves liant le virus à un laboratoire de Wuhan, dont il aurait pu s’échapper par accident. Il n’en révèle pas davantage, précisant que les États-Unis continuent d’enquêter.

Quelques jours auparavant, le Washington Post (article en anglais) révélait que l'ambassade des États-Unis à Pékin avait envoyé des diplomates visiter à plusieurs reprises l'Institut de virologie de Wuhan, entre janvier et mars 2018. A l'issue de ces visites, les émissaires américains ont envoyé deux câbles à Washington pour alerter sur les faiblesses du laboratoire en matière de sécurité et de gestion. D'après leurs observations, les travaux des laborantins sur la transmission potentielle des coronavirus de chauve-souris à l'homme faisaient courir le risque d'apparition d'une nouvelle pandémie de type Sars.

>> Le virus du Covid-19 s’est-il échappé d’un laboratoire de Wuhan ?

Janvier 2021 : la piste du laboratoire écartée après une enquête de l'OMS en Chine

Après plusieurs mois de tractations avec le gouvernement chinois, un groupe de dix scientifiques (tous venus de pays différents) mandatés par l'OMS se rend en Chine fin janvier 2021 pour mener une enquête. Leur objectif : chercher à identifier l'origine de la pandémie. L'équipe compte notamment des spécialistes des maladies respiratoires et infectieuses, des virologues, des épidémiologistes ou encore des experts travaillant sur la transmission des pathologies des animaux à l'humain.

Sur place, le groupe se heurte à l'attitude de la Chine, qui n'autorise qu'un accès limité aux lieux et aux données sensibles. Ils visitent finalement le marché de Wuhan et le fameux laboratoire de virologie, toujours en étant escortés.

Après deux semaines sur le terrain, l'OMS finit par donner une conférence de presse le 9 février pour marquer la fin de la mission à Wuhan. Peter Ben Embarek avance alors que "l'hypothèse d'une fuite de laboratoire est hautement improbable".

Cette affirmation provoque l'incompréhension de nombreux scientifiques, qui soulignent que l'équipe de l'OMS n'a pas eu un accès direct aux données essentielles : échantillons prélevés sur les premiers malades, dossiers complets des laboratoires... Les Etats-Unis, de leur côté, répondent qu'ils n'accepteront pas ces conclusions sans vérification. Dans les faits, le contenu des discours de la délégation de l'OMS a été négocié avec les scientifiques chinois, selon les informations de franceinfo, publiées en mars.

Février 2021 : critiquée, l'OMS nuance ses conclusions

Face aux critiques, le directeur général de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, est obligé de revenir sur celles-ci. Le 12 février, il assure publiquement qu'après avoir parlé avec l'équipe de la mission, "toutes les hypothèses restent ouvertes et nécessitent des études plus poussées". 

Peter Ben Embarek confirme ainsi que, n'ayant pas réalisé un audit complet du laboratoire, l'OMS ne peut en réalité rien affirmer de définitif : "Nous, on laisse tomber cette hypothèse, mais elle est toujours sur la table. On n'a pas dit que c'était impossible", nuance-t-il.

À la suite de ce "couac" diplomatique, 26 scientifiques signent une lettre ouverte, relayée par Le Monde, réclamant une nouvelle enquête "approfondie et crédible" qui n'exclurait aucune piste. Ils exigent également un accès direct aux échantillons et aux dossiers pertinents pour comprendre ce qu'il s'est passé. 

Mai 2021 : l’hypothèse d’un accident en laboratoire est relancée

Dans la lettre publiée dans la revue américaine Science, les scientifiques appellent à ce que l'hypothèse de la fuite soit de nouveau étudiée de manière "objective" et "transparente". Selon ces spécialistes, une telle enquête devrait être menée par un groupe d'experts indépendants pour "minimiser l'impact des conflits d'intérêts".

Cette publication survient à peine quelques jours après la divulgation sur Twitter (contenu en anglais) de trois travaux universitaires menés au WIV, "trois mémoires, respectivement soutenus en 2014, 2017 et 2019, [qui] n’ont jusqu’à présent jamais été rendus publics", explique Le Monde (article pour les abonnés). Diffusés sur le compte d'un scientifique anonyme (The Seeker), ils montrent notamment des incohérences avec les données fournies par l’institut depuis le début de la pandémie sur le "nombre et la nature des coronavirus" conservés au laboratoire, "sur les expériences conduites" sur ces virus, et "sur l’intégrité des séquences génétiques virales publiées". 

Des doutes existent notamment à l'égard du RaTG13. En juillet 2020, quelques mois après la publication de la séquence génétique de ce virus, la virologue Shi Zhengli avait affirmé dans Science qu'il s'agissait en fait d'un virus déjà connu : le Ra4991. Le génome de ce dernier avait été partagé en 2016.

Pourtant, le plus récent des travaux universitaires mis au jour sur Twitter contredit aujourd'hui cette idée. Des différences seraient localisées sur la fameuse protéine Spike, qui permet au virus de pénétrer dans les cellules de son hôte, rappelle Le Monde. "Cela représente une variation de 1% à 1,5% sur ce segment du génome, ce qui est significatif et correspond à entre 10 et 15 mutations, sur un domaine jouant un rôle-clé pour l'infectivité du virus", précise le virologue Etienne Decroly au quotidien.

Par ailleurs, en novembre 2020, le laboratoire a affirmé détenir huit autres séquences collectées en même temps que RaTG13 dans une mine désaffectée de la province du Yunnan, qui ne sont d'ailleurs toujours pas publiées. Mais "les trois mémoires montrent qu’au moins un autre coronavirus, dont l’existence n’a pas été divulguée, est conservé au WIV", explique Le Monde.

L'Institut de virologie de Wuhan soutenait enfin que les trois ouvriers décédés au cours de cette expédition scientifique, entamée en 2012, avaient succombé à un champignon pathogène. Une information remise en cause par les travaux universitaires, note Le Monde, qui font état de bien plus d'analyses effectuées par le WIV qu'officiellement divulguées.