Covid-19 : transmissibilité, immunité, mutation… Que sait-on du variant Omicron, près de six mois après son apparition ?

Le variant Omicron s'est propagé sur la planète plus rapidement que toutes les précédentes déclinaisons du Sars-CoV-2 avant lui. Détecté début novembre au Botswana, il a déferlé sur la France en pleine vague de contaminations par Delta. Et il est rapidement devenu hégémonique : depuis février, il est identifié dans 100% des virus séquencés dans les cas de Covid-19, selon les données de Santé publique France.

Près de six mois après sa découverte, qu'a-t-on appris sur ce variant, qui a contaminé des millions de Français ? Pour répondre à cette question, franceinfo a interrogé plusieurs spécialistes.

Un variant hautement transmissible…

La vitesse à laquelle Omicron a supplanté Delta est révélatrice de l'un des avantages compétitifs majeurs de ce variant sur ses prédécesseurs : sa plus forte transmissibilité. Au 22 novembre 2021, Omicron était détecté dans à peine 0,1% des tests séquencés en France. Au 27 décembre 2021, il était présent dans plus de 66% des tests séquencés. Il était devenu majoritaire en un mois seulement. Un mois plus tard, au 24 janvier, il se retrouvait dans près de 99% des tests séquencés. 

L'arrivée d'Omicron a coïncidé avec une subite accélération de la cinquième vague épidémique. D'environ 50 000 dénombrés à la mi-décembre 2021, les cas recensés chaque jour ont bondi jusqu'à 365 000 le 24 janvier avant de s'établir à environ 90 000 aujourd'hui. 

Une partie de l'explication réside dans la structure même d'Omicron, qui diffère grandement de la souche originelle du Sars-CoV-2 identifiée à Wuhan (Chine). "Ce variant comporte une cinquantaine de mutations par rapport au virus original, dont plus de trente dans la seule protéine Spike", qui sert de clé d'entrée du virus dans l'organisme, expose Sandrine Sarrazin, chargée de recherche Inserm au centre d'immunologie de Marseille-Luminy.

Cette différence de structure avec la souche originelle du Sars-CoV-2 a deux conséquences. "Les mutations qui affectent la protéine Spike la rendent plus active pour pénétrer dans son récepteur" et facilitent donc l'entrée du virus dans l'organisme, analyse Matthieu Mahévas, immunologiste à l'hôpital Henri-Mondor de Créteil et à l'institut Necker Enfants malades à Paris. "Cela pourrait expliquer que la période d'incubation semble plus courte avec Omicron qu'avec les précédents variants : on devient en général contagieux plus tôt, et probablement moins longtemps."

La seconde conséquence de ces nombreuses mutations concerne la capacité de ce variant à déjouer les protections mises en place par notre système immunitaire. Les vaccins contre le Covid-19 ont en effet été élaborés pour cibler la souche originelle du virus, et sont plus à la peine face à ce nouveau variant. "On s'est aperçus dans nos tests en culture cellulaire qu'Omicron échappait massivement aux anticorps neutralisants, qu'il s'agisse de ceux qui proviennent de la vaccination ou des anticorps monoclonaux thérapeutiques que l'on administre aux patients à risques de forme grave", détaille Olivier Schwartz, responsable de l'unité Virus et immunité à l'Institut Pasteur.

… mais qui n'a pas provoqué de saturation hospitalière

La faculté d'Omicron à enjamber une partie des défenses acquises par le système immunitaire aurait pu laisser craindre une grande saturation des hôpitaux, voire une hécatombe. Ce scénario catastrophe n'a heureusement pas eu lieu. "Le taux de formes sévères observées après infection à Omicron est très réduit", constate Olivier Schwartz, qui avance une première explication : "Ce variant possède un tropisme qui semble différent de celui des précédents : il se multiplie fortement dans les voies aériennes supérieures comme le nez et la gorge, et atteint possiblement moins les poumons."

Le contexte épidémique dans lequel le variant est apparu a aussi joué à plein. "Omicron a émergé en France à un moment où la population était majoritairement vaccinée, ou avait rencontré le virus par le passé", note Sandrine Sarrazin. Si les anticorps produits par la vaccination n'empêchent pas l'infection, ils restent très efficaces pour protéger les malades contre les formes sévères du Covid-19. "On peut en voir l'illustration à Hong Kong, relève Matthieu Mahévas. Le territoire subit une vague de contaminations liée à Omicron et qui touche une population insuffisamment vaccinée, surtout chez les personnes âgées. Cela se traduit par un grand nombre d'hospitalisations."

La grande proportion de personnes vaccinées dans la population française a donc permis d'éviter un raz-de-marée hospitalier, mais rend "très difficile l'évaluation objective de la sévérité intrinsèque d'Omicron", commente Claude-Agnès Reynaud, directrice de recherche à l'Institut Necker Enfants malades. L'immunologiste tient à rappeler que le virus est "loin d'être inoffensif".

"On se félicite d'une faible sévérité, mais plus de 100 personnes meurent chaque jour en France à cause du virus ! On devient blasé, alors que la mortalité reste très importante."

Claude-Agnès Reynaud, immunologiste

à franceinfo

D'autant que plus Omicron se propage, plus ses chances de devenir plus redoutable augmentent. "Les virus ne sont pas vivants : ils ont besoin de nos cellules pour proliférer, expose Sandrine Sarrazin. C'est au moment où nos cellules recopient leur génome que des erreurs peuvent apparaître et que les virus mutent." C'est ainsi qu'est apparu le sous-variant BA.2, issu d'Omicron. Plus transmissible encore, il n'a pas tardé à prendre le pas sur son grand frère : lors de la semaine du 4 avril, il représentait 99% des cas de Covid-19 séquencés, selon Santé publique France.

Un impact encore flou sur le long terme

Les contaminations en cascade liées à Omicron et BA.2 vont-elles changer la dynamique de l'épidémie sur le territoire ? Difficile à dire. "Des cas de réinfection au Covid-19 ont été documentés, mais il s'agit de personnes déjà touchées par d'autres variants comme Alpha ou Delta, et qui ont ensuite contracté BA.1 (la souche originelle d'Omicron) ou BA.2. A l'heure actuelle, seuls quelques cas d'infection par BA.1 puis par BA.2 ont été documentés au Danemark", observe Olivier Schwartz.

Va-t-on assister à l'émergence de nouveaux variants ou sous-variants ? Combien de temps dure l'immunité qui empêche d'être infecté ? Et celle qui évite les formes graves ? "Tout cela est encore difficile à dire, répond Matthieu Mahévas. D'autant qu'il existe beaucoup de situations hybrides : des personnes infectées puis vaccinées, des vaccinés qui ont ensuite été infectés, ou des infectés sans vaccination..."

La question des conséquences à long terme d'une infection par Omicron reste également à éclaircir. "La plupart des données sur le 'Covid long' concernent des personnes infectées quand les vaccins n'étaient pas disponibles, ou des patients dont le système immunitaire n'a pas bien répondu à la vaccination. On peut espérer que ce phénomène soit une rareté pour les personnes qui ont bien réagi à la vaccination", détaille Claude-Agnès Reynaud.

"Il existe des virus dont certaines personnes ne se débarrassent jamais, comme le papillomavirus, souligne Sandrine Sarrazin. Après l'infection, il peut rester caché pendant dix ou vingt ans avant de provoquer un cancer du col de l'utérus, par exemple. Plus récemment, une étude a établi le rôle du virus d'Epstein-Barr, responsable de la mononucléose, dans le développement de la sclérose en plaques." De tels scénarios sont-ils possibles avec Omicron ? Pour percer ces secrets, de nouvelles recherches et du temps seront indispensables.