Covid-19 : ce que l'on sait du sous-variant d'Omicron BA.2 détecté en France

Les mutations du Sars-CoV-2 continuent d'inquiéter le monde. Un sous-lignage du variant Omicron a ainsi été détecté dans plusieurs pays, dont la France, depuis quelques semaines. Baptisé BA.2, il présente plusieurs mutations qui pourraient modifier les caractéristiques du virus. Voici ce que l'on sait de ce sous-variant, déjà majoritaire en Inde et au Danemark.

Le sous-variant BA.2 est un dérivé du variant Omicron

Depuis la fin de l'année 2021, le variant Omicron, détecté pour la première fois en Afrique du Sud en novembre 2021, est entré dans nos vies. Celui-ci présente de très nombreuses mutations par rapport à la souche "originale" du Sars-CoV-2, qui s'est répandue dans le monde entre fin 2019 et début 2020. Selon de nombreuses études, ses caractéristiques le rendent certes moins virulent, mais plus contagieux que le variant Delta jusque-là dominant.

En raison de sa plus grande contagiosité, le variant Omicron (baptisé BA.1) contamine plus d'organismes et mute à son tour au fur et à mesure des contaminations. Le sous-variant BA.2 a ainsi vu le jour. Il reprend le schéma d'Omicron, mais présente plusieurs nouvelles mutations, selon le site spécialisé Covariants.org (en anglais). Ces variations ont été détectées notamment au niveau de la protéine Spike, "la clé qui permet au Sars-CoV-2 de pénétrer dans nos cellules", explique l'Inserm. Ces mutations peuvent donc potentiellement influer sur la contagiosité voire la dangerosité du virus.

Ce phénomène n'a rien d'exceptionnel. Les mutations apparaissent en cas d'"erreur" au moment de la réplication du virus, c'est-à-dire lorsqu'il se propage. Plus le nombre de contaminations est élevé, plus le risque de mutation l'est également. Les autres variants du Sars-CoV-2 ont eux aussi connu des mutations notables, comme "Delta plus", un "sous-lignage" du variant Delta apparu à l'été 2021.

Il a été détecté dans plusieurs pays, dont la France

Inde, Danemark, Royaume-Uni... Le sous-variant BA.2 a déjà été identifié dans plusieurs pays du globe. Selon le site Covariants.org, les premiers cas ont été détectés en Inde et en Afrique du Sud, fin décembre 2021. Il a ensuite rapidement été découvert aux Philippines, au Danemark et en Suède.

Pour détecter ce sous-variant, il faut analyser l'intégralité du génome du virus, rappelle Le Parisien. Un processus plus long et plus coûteux qu'un simple test PCR. En France, ce séquençage est effectué seulement sur une partie des tests, de manière aléatoire.

Ces analyses ont permis, par exemple, de confirmer la présence du sous-lignage BA.2 dans 53 cas au Royaume-Uni en date du 10 janvier, selon les autorités sanitaires britanniques (PDF en anglais). Un chiffre encore infime par rapport à d'autres pays. En Inde et au Danemark, le sous-variant BA.2 semble être rapidement devenu majoritaire, et il représente déjà un tiers des nouvelles contaminations à Singapour, selon la plateforme internationale Gisaid (en anglais). En France, seule une quinzaine de cas de sous-variants BA.2 ont été séquencés pour le moment.

Ses caractéristiques sont encore méconnues mais inquiètent certains épidémiologistes

Plus ou moins contagieux ? Plus ou moins dangereux ? Plus ou moins résistant au vaccin ? L'arrivée d'une nouvelle mutation du variant Omicron pose de nombreuses questions. Si les chercheurs n'ont pas encore le recul nécessaire pour déterminer précisément les caractéristiques du sous-variant BA.2, certains épidémiologistes ont fait part de leurs inquiétudes.

"Il se trouve que le nouveau sous-variant BA.2 est devenu dominant au Danemark, à la surprise de tous. Alors que le Danemark prévoyait d'atteindre son pic à la mi-janvier, les contaminations sont reparties à la hausse et semblent être attribuables désormais à ce nouveau variant BA.2, observe l'épidémiologiste Antoine Flahault, auprès de CheckNews. En France aussi, les divers modèles laissaient envisager un pic autour du 15 janvier, or les nouvelles contaminations semblent repartir à la hausse aussi." Le rôle du sous-variant BA.2 dans cette tendance fait donc partie des hypothèses soulevées.

"Le fait qu'au Danemark, le BA.2 ait pris le pas sur BA.1 suggère qu'il est encore plus transmissible."

Florence Débarre, biologiste

à CheckNews

Concernant la dangerosité de ce sous-variant, "les toutes premières observations en provenance de l'Inde et du Danemark suggèrent qu'il n'y a pas de différence spectaculaire de sévérité par rapport à BA.1", avance le virologue britannique Tom Peacock sur Twitter. Mais ces observations doivent encore être consolidées.

En France, les autorités restent prudentes. Le sous-variant BA.2 "correspond aux caractéristiques que nous connaissons d'Omicron (...) Il ne change pas la donne", a assuré le ministre de la Santé, Olivier Véran, jeudi 20 janvier. De son côté, l'OMS confirme à CheckNews "une tendance à l'augmentation du BA.2 au cours des dernières semaines" et affirme "surveiller la progression du BA.2 et ses éventuelles implications".