Variant Delta Plus : ce que l’on sait de cette nouvelle souche du coronavirus, détectée dans plusieurs pays dont la France

La saison estivale est menacée en Europe par la propagation du variant Delta, 40 à 60% plus contagieux que le variant Alpha (lequel était apparu au Royaume-Uni). Le variant Delta, identifié en premier lieu en Inde, représente actuellement 20% des nouveaux cas de Covid-19 détectés en France, selon le ministre de la Santé, Olivier Véran. Il est en passe devenir prédominant sur le Vieux continent d'ici à la fin août, a alerté le 1er juillet la section européenne de l'OMS. À cette inquiétude s'ajoute celle de voir un autre variant, le variant Delta Plus, déjà détecté dans plusieurs pays européens, suivre la même ascension.

Doit-on s'en inquiéter ? En quoi diffère-t-il du variant Delta dont il est issu ? Franceinfo dresse le portrait de ce nouveau variant du Sars-CoV-2, déjà pisté par les autorités sanitaires.

Apparu en Inde, il est classé comme "préoccupant" par les autorités locales

Séquencée en Europe et en Inde au printemps, cette nouvelle souche a été retrouvée chez plusieurs personnes contaminées en Inde en juin, pays violemment touché en avril par une vague meurtrière due au variant Delta. L'identification de quelques cas de cette nouvelle souche, baptisée Delta Plus, a rapidement suscité l'inquiétude des autorités sanitaires indiennes, qui redoutent une nouvelle résurgence épidémique. La nouvelle mutation a été détectée chez seulement 48 personnes contaminées par le variant Delta, sur plus de 45 000 échantillons examinés, note le site The Conversation (article en anglais), mais dans trois Etats à travers le pays : le Maharashtra, le Kerala et le Madhya Pradesh. 

Malgré son incidence réduite, le variant Delta plus a été classé le 22 juin par le gouvernement indien comme "préoccupant". Dans un communiqué (en anglais), le ministère de la Santé justifie son choix. Selon les informations remontées par l'Insacog, un consortium de 28 laboratoires affiliés au ministère de la Santé, le variant Delta Plus serait davantage transmissible, aurait une plus grande capacité à s'accrocher aux cellules pulmonaires et serait davantage résistant aux anticorps monoclonaux. Toutefois, ces éléments ne sont pas encore corroborés par des études consolidées. "Nous ne sommes que sur des suppositions, tout vient d'un communiqué du ministère de la Santé indien", reconnaît Mircea Sofonea, maître de conférences en épidémiologie et évolution des maladies infectieuses à l’université de Montpellier, sur France Culture.

Il porte une mutation du variant Beta

Cette nouvelle souche du virus Sars-CoV-2, à l'origine du Covid-19, appartient au lignage du variant Delta identifié en Inde à la fin 2020. Elle dispose des mutations caractéristiques de ce variant, mais également d'une mutation baptisée K417N. La détection de cette mutation supplémentaire par les scientifiques a donné lieu à l'appellation d'un nouveau variant, baptisé AY1 par les épidémiologistes et Delta Plus par les autorités.

Cette mutation K417N ne constitue pas une nouveauté en soi : elle a déjà été identifiée sur le variant Beta, découvert pour la première fois en Afrique du Sud à la fin 2020. Située au niveau de la séquence génétique codant la protéine Spike, qui permet au virus d'entrer dans les cellules de l'organisme humain, elle serait responsable d'un plus grand échappement. C’est-à-dire que cette mutation permettrait au virus d'échapper plus facilement aux anticorps anti-Sars-CoV-2 créés par l'organisme après une contamination ou une vaccination.

Dans le cas du vaccin Beta, les vaccins contre le Covid-19 avaient gardé leur efficacité, malgré cette mutation, mais certains s'avéraient sensiblement moins efficaces contre cette souche du virus. "On se retrouve avec un variant Delta qui a en plus, éventuellement, une capacité d'échappement immunitaire parce que cette mutation a déjà été retrouvée sur le variant Beta, anciennement dit 'sud-africain'", résume l'épidémiologiste Mircea Sofonea. L'adverbe "éventuellement" a ici toute son importance, car pour l'heure on ignore ce qu’il en est pour le variant Delta Plus. Des études sont toutefois en cours pour évaluer la protection offerte par les vaccins contre ce nouveau variant.

Il est surveillé à l'échelle mondiale

Pour le moment, notamment en raison de sa faible circulation, le variant Delta Plus reste étiqueté par l'OMS comme "variant d'intérêt" et n'est pas passé à l'échelon de "variant préoccupant". La nouvelle souche ne représente "qu’une petite fraction des séquences Delta" identifiées dans les génomes du Sars-CoV-2 analysés, a justifié l'organisation.

Cette nouvelle souche est présente dans plusieurs pays à travers le monde, notamment en France, au Royaume-Uni et au Portugal, mais dans une proportion très réduite : selon le site Outbreak (en anglais), qui visualise la circulation des différences souches du virus à partir à la base de données Gisaid, ce variant représentait, au 4 juillet, moins de 1% des tests séquencés dans les pays où il a été détecté, sauf au Népal (7%). En France, selon le dernier rapport d'analyse de risque réalisé par Santé publique France et le CNR des virus des infections respiratoires (document PDF) datant du 30 juin, le lignage AY1, qui correspond au variant Delta Plus, "est sporadiquement détecté" avec 8 cas détectés sur plus de 53 000 séquences analysées, d'après les données fournies par la base de données virologiques Gisaid. À noter que les proportions analysées grâce à cette plateforme dépendent de l'effort de séquençage fourni par les différents pays. 

Le fait qu'un variant ait muté n'a rien de nouveau, les variants Alpha et Bêta ont également donné lieu à de nouvelles souches du virus, qui ne se sont toutefois pas pour l'instant imposées. Rien ne laisse présager que le variant Delta Plus prendra le dessus sur son cousin, le variant Delta. "Pour le moment, nous manquons de données, c'est pour ça qu'il est encore un peu trop tôt pour déclarer le variant Delta Plus comme 'variant préoccupant' à l’échelle mondiale", explique Mircea Sofonea. "Le variant Delta Plus est quasi identique au variant Delta", soulignait le 23 juin le directeur de l’Institut de recherche génomique CSIR-IGIB de New Delhi, Anurag Agrawal, sur la chaîne de télévision indienne CNBC-TV18 (en anglais), assurant : "Le 'Plus' ne signifie pas nécessairement qu’il est pire que Delta."