Covid-19 : le variant identifié au Royaume-Uni pourrait devenir "dominant" en France entre la "fin février et mi-mars", selon l'Inserm

Il se propage en France. Le variant du coronavirus identifié au Royaume-Uni pourrait devenir "dominant" dans l'Hexagone, entre la "fin février et mi-mars". Cette estimation préliminaire de l'Inserm (PDF) s'appuie sur les données d'une "enquête flash" menée le 8 janvier dernier et pendant deux jours, qui a permis d'établir par séquençage génétique que ce variant représentait entre 1% et 2% des cas (PDF) de Covid-19 – 1,4% dans l'étude de l'Inserm.

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Ce variant est plus contagieux que la souche d'origine qui provoque le Covid-19. En toute logique, son incidence va donc progresser dans les prochaines semaines, jusqu'à ce qu'il devienne majoritaire dans la population infectée. Les chercheurs de l'Inserm pensent que cela devrait arriver en février ou en mars, en prenant pour hypothèse une diffusion 70% plus rapide du VOC 202012/01. Avec une diffusion 50% plus rapide, le VOC finirait tout de même par s'imposer, avec un délai d'environ deux semaines supplémentaires. Dans tous les cas, "une augmentation importante des cas est attendue dans les semaines" qui précéderont la bascule.

Preliminary results from the 1st large-scale sequencing analysis in France indicate the presence of 1-2% of VOC 202012/01 in w01 in the country. This suggests that VOC could become dominant by the end of February in absence of interventions. https://t.co/vfV56gaDwj pic.twitter.com/mbXA0DMlzf

— Vittoria Colizza (@vcolizza) January 18, 2021

"Si on ne fait rien, si on ne prend pas très rapidement des décisions, on aura une extension du variant anglais" en France, expliquait sur franceinfo le président du Conseil scientifique, Jean-François Delfraissy. "La question n'est pas de le bloquer, mais de le ralentir."

Un traçage délicat

La diffusion de ce variant joue un rôle évident dans la situation sanitaire, et les chercheurs ont donc pris en compte ce paramètre pour estimer le niveau futur des hospitalisations. Selon eux, en l'absence de mesures sanitaires adaptées, le pic de la première vague pourrait être atteint à la fin de mars dans le meilleur scénario (épidémie stable hors variant et contagiosité limitée à 50% pour le variant). Le nombre d'hospitalisations hebdomadaires pourrait dépasser 20 000 dès la mi-février dans un scénario plus pessimiste (R0 à 1,2 et contagiosité du variant 70% supérieure).

Le traçage du variant est délicat, car il faudrait, pour en avoir une image complète, réaliser un séquençage génétique après chaque test PCR. Les autorités sanitaires s'appuient sur des campagnes de "screening", en exploitant la particularité des tests de la marque Thermofisher. Celui-ci cible trois gènes viraux différents, mais il ne parvient plus à détecter l'un d'eux quand il s'agit du variant. En cause, une absence (ou délétion) des 69e et 70e acides aminés de la protéine S du coronavirus. Une correspondance est alors affichée avec simplement deux des trois molécules recherchées.

Le cas échéant, il est possible de soupçonner la présence du variant. Cependant, cette délétion n'est pas spécifique au VOC 202012/01 et le test Thermofisher peut donc aussi afficher un résultat discordant chez d'autres patients – lors de la dernière enquête flash, le variant représentait un gros tiers (38%) des 3,8% de tests discordants. La deuxième étape consiste donc à réaliser un séquençage génétique des tests PCR discordants, afin d'identifier formellement les cas recherchés. A la peine sur ce terrain, la France tente actuellement de refaire son retard en augmentant ses capacités de séquençage.

Faute de données suffisantes à l'heure actuelle, l'Inserm n'a pas pu prendre en compte d'autres variants, comme celui identifié en Afrique du Sud, dans ses modélisations de l'épidémie. Pour les auteurs de l'étude, il n'y a guère plus le choix : "Ces résultats montrent la nécessité de renforcer les mesures de distanciation sociale et d’accélérer la campagne de vaccination pour faire face à la menace du variant VOC."