Covid-19 : ce que l'on sait des variants du virus apparus à l'étranger et qui inquiètent les autorités de santé

L'arrivée progressive des vaccins laissait entrevoir une lueur d'espoir dans la lutte contre la pandémie de Covid-19 en ce début d'année 2021. Mais c'était sans compter sur les différents variants du virus identifiés dans plusieurs endroits du monde, notamment au Royaume-Uni et en Afrique du Sud dès le mois de décembre, et plus récemment au Brésil.

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L'apparition de ces variants n'a rien d'anormal. Tous les virus, quels qu'ils soient, mutent. "Après avoir infecté nos cellules, ils [les virus] se multiplient en réalisant des copies d'eux-mêmes. Ce processus n'est pas parfait et les copies peuvent comporter des 'erreurs' : les fameuses mutations", explique l'Inserm sur son site. "Ces mutations peuvent n'avoir aucune conséquence, voire avoir un effet négatif sur le virus. D'autres, en revanche, peuvent avoir un impact par exemple sur la transmissibilité du virus ou sur la gravité de la maladie."

Concernant le Sars-Cov-2, au moins trois de ces mutations ont commencé ces dernières semaines à se répandre suffisamment pour que l'on parle désormais de "variant" du virus. Voici ce que l'on sait de ces "épidémies dans l'épidémie".

Le variant apparu au Royaume-Uni

Où et quand a-t-il été identifié ? Les premiers cas (autrement dit, des génomes porteurs des mutations spécifiques à ce lignage de virus) ont été identifiés au Royaume-Uni dès le 20 septembre dans le Kent, puis le lendemain dans le Grand Londres. Mais ce n'est que le 13 décembre que le consortium Covid-19 Genomics UK (COG-UK), chargé de la surveillance et du séquençage des mutations du Sars-CoV-2 au Royaume-Uni, a nommé ce variant.

Quelles sont ses mutations ? Le variant dit "anglais" ou "britannique", dont les noms scientifiques sont VOC 202012/01 (pour Variant of Concern) ou B.1.1.7, comporte une vingtaine de mutations. Toute l'attention se porte sur une mutation particulière, nommée "N501Y", car elle concerne la protéine Spike, située à la surface du virus. Cette protéine est en quelque sorte la "clé" qui permet au Sars-Cov-2 d'entrer dans les cellules et de les contaminer.

Pourquoi inquiète-t-il ? S'il ne semble pas provoquer de symptômes plus graves que la version originelle du Sars-Cov-2, il est considéré comme 50 à 70% plus contagieux. Il est en grande partie responsable de la flambée de cas observée au Royaume-Uni depuis fin décembre, donc de la saturation du système de santé et de la forte augmentation du nombre de morts (1 820 décès mercredi 20 janvier, un chiffre encore jamais atteint outre-Manche depuis le début de la pandémie). Encore largement minoritaire fin novembre, ce variant est devenu dominant : début janvier, il était ainsi identifié dans 90% des résultats de tests positifs du pays.

MK Lighthouse Lab @Biocentre_UK covid testing continues to show a significant increase in positive test rate and B117 'new variant', as detected by PCR S (spike) gene target failure (SGTF), now represents ~90% of all positives. pic.twitter.com/0w7nqsapFG

— Tony Cox (@The_Soup_Dragon) January 6, 2021

A-t-il été repéré sur le sol français ? Il est désormais présent dans au moins 60 pays et territoires, dans les six zones géographiques déterminées par l'OMS, selon le point épidémiologique hebdomadaire de l'agence onusienne du 19 janvier.

La France ne fait pas exception : un premier cas positif a été détecté à Tours le 25 décembre. Depuis, une enquête "flash" menée les 7 et 8 janvier à partir des dépistages réalisés dans 89 laboratoires en France a permis d'estimer que le VOC 202012/01 serait responsable de 1 à 2% des cas de Covid-19 diagnostiqués en France. S'appuyant sur ces résultats, des chercheurs de l'Inserm estiment que ce variant pourrait devenir dominant en France entre fin février et mi-mars. Selon le président du Conseil scientifique, Jean-François Delfraissy, "si on ne fait rien, si on ne prend pas très rapidement des décisions, on aura une extension du variant anglais" en France. 

Les vaccins seront-ils efficaces ? Les différents vaccins contre le Covid-19 autorisés ou en cours d'autorisation ciblent la fameuse protéine Spike, soit celle qui est affectée par des mutations dans les nouveaux variants. La question est donc de savoir si ces vaccins seraient toujours à même de procurer une immunité. Les premières investigations sont plutôt rassurantes à ce sujet.

Dans une étude publiée le 19 janvier (mais pas encore validée par les pairs), les scientifiques des laboratoires Pfizer et BioNTech affirment que leur vaccin est en mesure de protéger contre ce variant. Du côté du britannique AstraZeneca, dont le vaccin est déjà utilisé depuis début janvier au Royaume-Uni et pourrait être validé à la fin du mois pour les pays de l'Union européenne, "nous pensons pour l'instant que le vaccin devrait rester efficace", a indiqué fin décembre son PDG, Pascal Soriot, au Sunday Times. "Mais on ne peut pas en être sûr, donc nous allons faire des essais."

Le variant apparu en Afrique du Sud

Où et quand a-t-il été identifié ? Il a été détecté en Afrique du Sud par des chercheurs locaux dans des échantillons remontant au mois d'octobre, et sa découverte a été rendue publique le 18 décembre dans un communiqué du ministre de la Santé sud-africain. Il est désormais majoritaire dans ce pays, où sa montée en puissance a été concomitante avec une explosion du nombre de cas entre début décembre et le 10 janvier.

Quelles sont ses mutations ? Le variant dit "sud-africain", plus scientifiquement appelé 501.V2, possède plusieurs mutations situées sur la protéine Spike. Parmi elles, on retrouve "N501Y", déjà présente sur le variant anglais, mais aussi "K417N", et surtout "E484K", qui inquiète particulièrement la communauté scientifique.

Pourquoi inquiète-t-il ? Comme le variant identifié au Royaume-Uni, il est beaucoup plus contagieux que la version originelle du Sars-Cov-2. Selon le professeur Salim Abdool Karim, épidémiologiste et coprésident du comité scientifique au ministère de la Santé sud-africain, il est "50% plus transmissible", mais "rien n'indique" cependant qu'il soit "plus sévère".

Toutefois, les médecins sud-africains ont constaté que la vague épidémique de décembre-janvier avait particulièrement touché les jeunes, y compris sans comorbidité, parfois avec des formes graves du Covid-19. "Nous essayons de comprendre si ce phénomène est lié au nouveau variant du virus ou simplement au fait que plus de jeunes gens sont infectés actuellement", témoignait fin décembre le docteur Richard Lessells, du laboratoire Krisp, cité par Le Monde.

Une étude préliminaire parue le 19 janvier ayant confronté ce variant à divers plasmas de patients guéris déjà infectés par le Sars-Cov-2 relève qu'il est "largement résistant aux anticorps neutralisants". Ce qui signifie que les anticorps produits lors d'une première contamination au Covid-19 ne seraient donc pas d'un grand secours face à une exposition à ce nouveau variant. Des conclusions qui doivent encore être validées.

A-t-il été repéré sur le sol français ? A la date du 19 janvier, ce variant est présent dans 23 pays et territoires, selon l'OMS : l'Afrique du Sud bien sûr, quelques pays voisins, l'Australie, la Chine, le Canada, et plusieurs pays d'Europe dont la France, où le premier cas a été détecté le 31 décembre dans le Haut-Rhin sur un homme de retour d'Afrique du Sud. Après la découverte d'un autre cas dans le Val-de-Marne, une vaste opération de dépistage a été organisée mi-janvier dans plusieurs villes d'Ile-de-France.

Il existe potentiellement de nombreux cas non détectés, car le dépistage de ce variant est beaucoup plus complexe que celui du variant anglais. Lors d'un dépistage par RT-PCR, ce dernier provoque en effet une anomalie qui renseigne sur sa très probable présence. Or, il n'en est rien avec le variant sud-africain. Pour l'identifier, il faut donc séquencer les prélèvements (analyser le matériel génétique du virus), une opération qui peut prendre plusieurs jours.

Les vaccins seront-ils efficaces ? C'est la grande inconnue, et la grande crainte, concernant ce variant. "Aucune preuve de l'efficacité des vaccins actuels contre le variant [identifié en Afrique du Sud] n'a encore été apportée", selon le Pr Abdool Karim, qui ajoute que "de nombreuses études sont en cours".

C'est la mutation "E484K" qui pourrait mettre à mal l'efficacité des vaccins, car des tests en laboratoire ont montré qu'elle semblait capable de diminuer la reconnaissance du virus par les anticorps. Selon le Pr François Balloux, de l'University College de Londres, cité par l'organisme britannique Science Media Centre, cette mutation pourrait théoriquement aider ce variant "à contourner la protection immunitaire conférée par une infection antérieure ou par la vaccination". Un phénomène appelé "évasion immunitaire" par les scientifiques.

Les laboratoires ne se sont pour l'instant pas prononcés sur l'efficacité de leur produit face à ce variant, mais plusieurs d'entre eux assurent qu'ils sont capables de fournir rapidement de nouvelles versions de leur vaccin en cas de besoin.

Les variants apparus au Brésil

Où et quand ont été identifiés ces variants ? Ce n'est pas un mais deux variants apparus au Brésil qui sont actuellement sous surveillance. L'un (B1.1.248) a été détecté au Japon sur deux adultes et deux enfants arrivés dans ce pays le 2 janvier en provenance du Brésil. Il s'agit d'un variant proche de celui observé dans le pays dans l'Etat d'Amazonas et notamment dans sa capitale, Manaus. Selon Felipe Naveca, de l'Institut Leonidas et Maria Deane, interrogé par l'AFP, il est probable que cet autre variant, nommé P.1, se soit déjà répandu dans d'autres régions brésiliennes.

Quelles sont leurs mutations ? Les deux variants comportent plusieurs mutations communes avec leurs cousins, notamment "N501Y" (comme les variants anglais et sud-africain), "E484K" et "K417T" (comme le variant sud-africain), toutes trois situées sur la fameuse protéine Spike.

Pourquoi inquiètent-ils ? Comme les variants identifiés au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, ils pourraient être plus contagieux, en raison de ces modifications de Spike. La découverte de ces variants coïncide là encore avec une forte augmentation des cas de Covid-19 à Manaus, dans le nord-ouest du Brésil. Cependant, "les fêtes de fin d'année" et la saison, propice aux virus respiratoires, pourraient aussi expliquer cette flambée, selon Felipe Naveca.

"Une des hypothèses, c'est que ces mutations ont justement eu lieu parce que le nombre de contaminations est très élevé", explique ce chercheur. Cette nouvelle flambée sur un territoire déjà très affecté par la première vague de Covid-19 fait également naître des incertitudes quant à la durée de l'immunité conférée après avoir contracté la maladie. Une étude scientifique avait en effet laissé penser en septembre que Manaus avait atteint l'immunité collective lors de la première vague.

Ont-ils été repérés sur le sol français ? A l'heure actuelle, aucun des deux variants brésiliens n'a été détecté en France. On dispose cependant de peu d'informations sur leur dissémination dans le monde.

Les vaccins seront-ils efficaces ? Comme pour le variant identifié en Afrique du Sud, il est trop tôt pour savoir si les vaccins déjà sur le marché ou en cours de production seront efficaces contre les variants apparus au Brésil.