En région parisienne, un laboratoire traque sans relâche les variants du Covid-19

"Tout commence ici. Les prélèvements nous parviennent par cette porte 24 heures sur 24 et 7 jours sur 7." C'est dans les locaux du laboratoire Eurofins Biomnis à Ivry-sur-Seine, près de Paris, que tous les tests PCR positifs de France arrivent depuis dimanche. Cet établissement est le seul jusqu'à présent à avoir mis au point un kit capable de détecter le variant anglais ainsi que le variant sud-africain et brésilien.

Sur ordre des autorités sanitaires, la traque de ces variants est devenue systématique. Tous les tests positifs du pays sont passés au crible pour détecter l'éventuelle présence d'une mutation.

Un variant britannique bien plus présent que les autres mutations

Avant de pouvoir débuter ces analyses, un gigantesque travail de collecte doit être mené. L'entreprise s'appuie sur ses 6 800 points de ramassage partout en France pour récupérer les échantillons. "Les prélèvements nous arrivent dans des sachets fermés avec une prescription médicale et le prélèvement du patient, explique Sébastien Guibault, le directeur général d'Eurofins Biomnis. Forcément, tous nos tests sont positifs, mais ce que l'on constate c'est que la proportion du variant britannique est plus importante que celle du variant sud-africain ou brésilien. Ces deux mutations sont tout de même identifiées dans certains prélèvements."

Lorsqu'ils sont livrés, les prélèvements passent tout d'abord par une étuve, pour neutraliser toute trace du virus. Chaque échantillon est ensuite enregistré dans le système informatique du laboratoire, puis l'ARN est extrait, et passé dans une machine qui repère les variants. Le résultat apparaît sous forme de courbes qui sont ensuite lues par des techniciens.

Une méthode complémentaire au séquençage 

Le résultat est par la suite transmis en moins de 24 heures au laboratoire qui a fait le prélèvement, et la présence d'un variant est immédiatement inscrite dans la base de données des autorités sanitaires. Cette méthode est plus rapide que le séquençage, mais pour Sébastien Gibault les deux sont complémentaires : "Notre test de criblage permet d'éviter le séquençage pour les variants connus. Mais il faut poursuivre le séquençage tant que le virus circule, afin de détecter d'éventuels nouveaux variants."

Les campagnes de séquençage ont du sens. Elles permettent d'identifier d'éventuels nouveaux variants que l'on peut alors mettre sous surveillance, et suivre de manière très précise. Le séquençage reste un outil complémentaire et indispensable.

Sébastien Guibault

Le laboratoire Eurofins Biomnis travaille désormais sur un nouveau test capable de détecter le dernier né des variants, le californien. D'après les résultats de la première enquête de séquençage menée début janvier, le variant anglais représente déjà 3,5% des cas de Covid-19 en France et près de 10% en Île-de-France.