Covid-19 : ce que l'on sait des deux nouveaux sous-variants d'Omicron découverts en Afrique du Sud

Quand la pandémie de Covid-19 va-t-elle prendre fin ? L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a estimé le 4 mai que deux sous-variants d'Omicron, identifiés en Afrique du Sud, étaient à l'origine de la cinquième vague qui frappe le pays, le plus touché du continent africain par la maladie. La dynamique est forte : le nombre de nouveaux cas recensés de Covid-19 en Afrique du Sud est passé de quelque 3 500 cas le 3 mai à environ 7 500 une semaine plus tard, soit une hausse de plus de 100%. Franceinfo résume ce que l'on sait de ces deux sous-variants, baptisés BA.4 et BA.5, qui portent cette nouvelle vague.

Ils ont été découverts à la fin de l'année 2021

"Les scientifiques sud-africains, qui ont identifié Omicron à la fin de l'année dernière, ont maintenant signalé deux autres sous-variants d'Omicron, BA.4 et BA.5, comme étant à l'origine d'un pic de cas en Afrique du Sud", a déclaré le directeur général de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, début mai.

Ils ont pu être découverts "car l'Afrique du Sud effectue toujours le séquençage génétique [du virus] que d'autres pays ont cessé de faire, a souligné le dirigeant de l'OMS. Dans de nombreux pays, nous ne pouvons pas voir la façon dont le virus mute. Nous ne savons pas ce qui nous attend."

Le variant Omicron a été détecté pour la première fois en Afrique du Sud en novembre 2021. Jusqu'à maintenant, il comptait "quatre lignées nommées B.1.1.529 [le premier à avoir été appelé Omicron], BA.1, BA.2 et BA.3", relatait l'OMS en janvier. Aux alentours de la fin de l'année 2021 et du début de l'année 2022, le variant BA.2 a été découvert dans plusieurs pays, dont la France.

Ils sont plus contagieux que les autres sous-variants

BA.4 et BA.5 "semblent plus transmissibles que les précédents" sous-variants d'Omicron, a estimé auprès de France 24 l'épidémiologiste Antoine Flahault. Leur protéine Spike, qui permet au virus d'entrer nos cellules, portent deux mutations. Celle appelée L452R augmente sa transmissibilité, l'amenant à être environ 20% plus contagieux que le sous-variant BA.2. Elle n'est pas inconnue puisqu'elle est présente chez le variant Delta, particulièrement contagieux, qui a sévi dès l'été 2021.

L'autre mutation, appelée F486, "est associée à une réduction de la neutralisation des anticorps", selon Antoine Flahault. Elle pourrait engendrer une potentielle baisse de l'efficacité du vaccin contre ces deux sous-variants, relève-t-il auprès de La Dépêche.

En revanche, la dangerosité de ces deux sous-variants est encore floue. "Il est trop tôt pour savoir si ces nouveaux sous-variants peuvent causer des formes plus graves de la maladie que les autres sous-variants d'Omicron", a déclaré le patron de l'OMS. "Jusqu'à présent, les autorités sud-africaines ne constatent pas de recrudescence importante de la sévérité de ces nouveaux variants", remarque Antoine Flahault.

Ils ont déjà été détectés en France

Les sous-variants BA.4 et BA.5 sont majoritaires en Afrique du Sud, comme le montre l'épidémiologiste Tulio de Oliveira, directeur du Centre pour l'innovation et la réponse aux épidémies, un institut de recherche sud-africain.

South Africa had multiple waves of infections, the first dominated by multiple lineages (> 50 614G lineages), the second by Beta, them Delta, Omicron BA.1, BA.2 and Omicron BA.4 and BA.5. pic.twitter.com/19n8PVvXIJ

— Tulio de Oliveira (@Tuliodna) May 8, 2022

En France, le sous-variant BA.2 d'Omicron est toujours très largement dominant, selon Santé publique France (99% des séquences de la dernière enquête). Mais BA.4 et BA.5 ont déjà été détectés dans l'Hexagone. S'ils sont encore très largement minoritaires, ils sont scrutés et font l'objet d'"une surveillance renforcée", écrit Santé publique France dans son bulletin épidémiologique du 5 mai. "Au 2 mai 2022, deux cas de BA.4 et six cas de BA.5 ont été confirmés en France et sont en cours d’investigation", précise l'agence sanitaire.

Pour Antoine Flahault, la vigilance est de mise au regard des épisodes antérieurs. "Plusieurs vagues de contaminations, survenues dans le passé en Afrique du Sud, ont précédé celles qui sont survenues un peu plus tard en Europe de l'Ouest, rappelle l'épidémiologiste dans les colonnes de La Dépêche. Ce pourrait être le cas à nouveau avec BA.4 et BA.5, qui pourraient arriver en Europe avant la mi-juin." "Cette vague de contaminations ne sera pas forcément associée à une augmentation notable des hospitalisations et des décès, mais on doit suivre de très près l'évolution sud-africaine actuelle et se préparer", insiste le spécialiste auprès de France 24. D'après Tulio de Oliveira (lien en anglais), la situation en Afrique du Sud peut "guider le monde entier" vers le futur de la pandémie.