Covid-19 : transmission, efficacité du vaccin, sévérité... Que disent les dernières études sur le variant Omicron ?

Le 25 novembre, des scientifiques sud-africains jetaient un froid à l'approche des fêtes de fin d'année, en annonçant la découverte d'un nouveau variant du Sars-CoV-2 aux mutations inquiétantes, rapidement baptisé Omicron. Sa progression s'est accompagnée d'une forte inquiétude, qui a notamment conduit de nombreux pays à suspendre leurs liaisons avec l'Afrique du Sud et d'autres Etats africains, ce qui n'a pas empêché ce variant d'être détecté dans des dizaines de pays, dont la France.

Omicron se répand, mais il avance masqué. Si ses mutations sont connues et localisées, de nombreuses questions se posent encore sur ce qu'elles changeront à l'épidémie de Covid-19. Alors que des premiers résultats d'études commencent à être annoncés, franceinfo résume l'état des connaissances.

Une transmissibilité sans doute plus grande

Le "potentiel de propagation très rapide" de ce nouveau variant est un des motifs d'inquiétude qui avaient été mis en avant dès l'annonce de sa découverte par des scientifiques sud-africains, le 25 novembre, en raison du nombre "extrêmement élevé" de mutations observées. Ils en observaient alors plus de 10 ; elles sont finalement plus de 50. L'évolution de l'épidémie en Afrique du Sud nourrit également les craintes : le variant Omicron était déjà devenu le plus présent dans la population le 1er décembre, et la hausse des contamination est qualifiée "d'exponentielle" par les autorités.

"Les données préliminaires suggèrent un avantage substantiel" du nouveau variant sur le Delta jusqu'ici dominant, a confirmé le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies, le 2 décembre. Les modèles mathématiques de l'agence suggèrent qu'il pourrait être impliqué dans "plus de la moitié des infections (...) dans l'Union européenne d'ici les tout prochains mois". 

Si l'idée que ce variant est plus transmissible semble faire consensus, du ministre de la Santé français Olivier Véran au conseiller de la Maison Blanche Anthony Fauci, on ne sait pas encore à quel point il est transmissible. Sur Twitter, un chercheur de la London School of Hygiene & Tropical Medicine estimait, le 3 décembre, qu'Omicron s'était montré 2,4 fois plus contagieux que Delta dans la province de Gauteng (Afrique du Sud), où il a été identifié. Mais ses résultats n'ont pas été revus par des pairs ni publiés dans une revue. Et le contexte sud-africain ne se prête pas forcément aux comparaisons avec la France : le pays avait par exemple été très touché par le variant Bêta, qui ne s'est jamais imposé dans nos contrées.

Une résistance aux vaccins plus importante... mais pas totale

La majorité des mutations observées chez ce nouveau variant le sont sur la protéine Spike, qui lui permet de s'accrocher aux cellules, et qui est visée par les anticorps. De quoi laisser craindre que la réaction immunitaire, même stimulée par un vaccin, ne suffise plus à lutter contre lui.

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Finalement, pas besoin d'attendre la fin de semaine pour avoir les résultats de neutralisation pour Omicron !...
Mais les nouvelles ne sont pas très bonnes... https://t.co/p215N2y1D5

— Claude-Alexandre GUSTAVE (@C_A_Gustave) December 7, 2021

Les premières études sur ce point sont très partielles, et se basent sur l'observation en laboratoire de sérum de patients vaccinés (un liquide tiré de leur sang) quand il est confronté au nouveau variant. "Omicron échappe en partie à l'immunité induite par le vaccin de Pfizer", affirme l'Africa Health Research Institute (AHRI), basé en Afrique du Sud, dans un communiqué (en anglais) publié mardi 7 décembre. Mais ses résultats, qui n'ont pas subi de relecture indépendante, sont établis sur une douzaine de cas seulement. L'AHRI observe par ailleurs que l'immunité reste "considérable" chez les patients qui ont à la fois "été vaccinés et précédemment infectés" – sur un échantillon encore plus restreint.

Les laboratoires Pfizer et BioNTech ont eux annoncé mercredi que la réponse immunitaire liée à leur vaccin était "réduite de façon significative" face à Omicron pour les patients ayant reçu deux doses, mais que trois doses offraient "un haut niveau de protection", comparable à celui de deux doses face aux autres variants. Parallèlement à ce constat mitigé, les deux entreprises ont annoncé travailler à une version de leur vaccin adaptée au nouveau variant, qui doit être "disponible d'ici à mars".

Après ces résultats très partiels, beaucoup de questions restent en suspens. "Nous avons surtout besoin de données dans la vraie vie pour savoir ce qui est vraiment en train de se passer", a d'ailleurs reconnu auprès de l'AFP Willem Hanekom, directeur général de l'AHRI. D'autant que les anticorps ne sont qu'un des volets de la réponse immunitaire, qui passe aussi par des cellules appelées lymphocytes T, dont l'action est plus difficile à mesurer. "Il y a une vaste variation de la réduction de l'efficacité des anticorps qui va de 4 à 5 fois moins à 40 fois moins dans ces différentes études". Ces dernières se limitent à étudier l'effet sur les seuls anticorps, alors "que le système immunitaire est bien plus complexe", a précisé, mercredi, la cheffe scientifique de l'OMS, la docteure Soumya Swaminathan. 

"Il est prématuré de conclure que la réduction de l'activité de neutralisation des anticorps aura pour effet une baisse significative de l'efficacité des vaccins."

La docteure Soumya Swaminathan

Lors d'une conférence de presse

Des performances diminuées en laboratoire ne disent pas non plus si Omicron, au-delà de contaminer davantage, provoquera un surcroît de formes graves. "Il n'y a aucune raison de douter" de la protection des vaccins contre les formes sévères du Covid-19, affirmait ainsi le responsable des urgences de l'OMS, Michael Ryan, mardi.

Des symptômes qui semblent, pour le moment, moins sévères

Alors que les cas du variant Omicron se multiplient à travers le monde, aucun décès n'a encore été associé à ce nouveau variant. Les premiers échos d'Afrique du Sud concernant la gravité des symptômes chez les patients infectés sont plutôt rassurants. Le 28 novembre, la présidente de l'Association médicale sud-africaine, Angélique Coetzee, rapportait avoir reçu dans son cabinet une trentaine de porteurs du variant sans qu'aucun n'ait à être hospitalisé. Elle décrivait des symptômes "légers" et "inhabituels" : peu de fièvre mais "une gorge qui gratte" et une "fatigue extrême". L'hôpital de Pretoria observait de son côté (article en anglais) que, le 2 décembre, son service Covid contenait 70% de patients ne présentant aucun symptôme respiratoire, et hospitalisés pour d'autres raisons que le virus. 

"Omicron semble avoir un taux accru de réinfection, mais des symptômes moins graves", a observé mercredi le directeur général de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus. Il est "quasiment certain" qu'Omicron ne cause pas de cas plus graves que Delta, estimait la veille le conseiller de la Maison Blanche Anthony Fauci. "Il y a quelques signes montrant qu'il se pourrait même qu'il soit encore moins grave." Mais ce sentiment demande encore à être confirmé par des données. L'épidémiologiste américain estime que la situation sera plus claire dans "deux semaines au moins", car les formes graves mettent du temps à se développer. Et rappelle que la comparaison de l'Afrique du Sud avec les Etats-Unis ou l'Europe est compliquée, car la population sud-africaine est plus jeune et moins à risque.

Si le virus s'avérait effectivement plus contagieux, mais moins létal, serait-ce une bonne ou une mauvaise nouvelle ? Les avis divergent. "Il donnerait une immunité de groupe et participerait à atténuer le Sars-CoV-2 en virus saisonnier bénin", estimait le virologue du CNRS Bruno Canard sur Twitter le 1er décembre. Mais "s'il se met à circuler beaucoup, on aurait des contaminations plus importantes encore qu'avec le variant actuel", nuançait Olivier Véran lors de la conférence de presse du gouvernement, lundi. "Proportionnellement, on finirait par avoir quand même beaucoup de formes graves."